経産省が特別試験研究費でガイドライン
契約書、各費目の内訳書のひな型等を明示

平成25年度税制改正で、同制度は抜本的な拡充が図られている。
総額型の控除上限が法人税額の20％から30％に引き上げられるとともに、平成25年4月1日支出分から、民間企業同士による共同研究、特定中小企業者への委託研究に係る試験研究費が、新たに対象に取り込まれている。

これまでは、共同研究は、研究開発力強化法による試験研究機関等及び試験研究独立行政法人か、あるいは経産大臣の認定等を受けた大学、高等専門学校及び大学共同利用機関に限られていたが、新たに民間企業間の共同研究、技術研究組合による共同研究が追加され、大学等に関する大臣認定等の要件も廃止されている。

委託研究についても、大学等に関する大臣認定等の要件が廃止されるとともに、新たに特定中小企業者への委託研究が追加されている。

ここでいう監査とは、契約等に基づいた試験研究に要する費用であるか、計算誤りがないか等、財務的な観点から行われるもので、具体的には、契約書等や各費目の内訳書を税理士等に提出することになる。

法人税の申告の際には、税理士等による監査の結果、適正であった旨が記載され、その税理士等による署名又は記名押印がされた書類の写し及び相手方の確認を受けた書類の写しを申告書に添付する。

このガイドラインでは、制度の概要のほか、共同研究などにおける契約書等の記載例や、試験研究に係る費用として支出した各項目の内訳書のひな型が掲載されている。
この記載例を参考に作成した契約書等や、各項目の内訳書を税理士等に提出し、対象金額に関する監査を受けることになる。